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自動コミット(AUTOCOMMIT)

MySQLクライアントでSQL文を実行すると、自動コミットが有効なので単一のSQL文ごとにトランザクションの開始とコミットが暗黙に実行されます。慎重な作業が必要なUPDATE, DELETEの際は、ロールバックが可能な明示的なトランザクションの開始とコミットを行うとよいです。

mysql> START TRANSACTION;
mysql> DELETE FROM issues WHERE id=1357;
mysql> COMMIT;